Santos Fc

Categorías inferiores (2009-2013)

Comenzó a jugar al fútbol sala de la mano de Betinho en el Tumiaru. Luego pasó a jugar en varios clubes de la ciudad de Santos como: Portuguesa Santista, Gremetal y otra vez en el Portuguesa. En 2003, fichó por el Santos, donde fue instalado en la academia de juveniles. Empezaron a compararlo con jugadores como, Pelé y Robinho en el inicio de su carrera en el Santos.

A la edad de 14 años, viajó a España para fichar por el Real Madrid. En ese momento, el Real Madrid tenía estrellas como Ronaldo, Zidane y Robinho. Neymar pasó la prueba para su posible traslado, pero el fichaje se cayó, debido a que su padre decidió que siguiera desarrollándose en las juveniles del Santos.​ El joven delantero siguió progresando a través de las categorías inferiores con rapidez y se le concedió finalmente una promoción para formar parte del primer equipo en 2009.

Debut profesional (2009)

                    Neymar se unió en 2003 al Santos y después de estar en las categorías inferiores, fue promocionado al primer equipo. Hizo su debut con el Santos en 2009, en el que rápidamente se hizo su descubrimiento, convirtiéndose en un jugador fijo del primer equipo. Debutó con tan solo 17 años.

Explosión de Neymar Jr (2010-2013)

Neymar siguió rindiendo a un gran nivel y consiguió varios trofeos con el Santos, entre los más destacados el premio puskas de 2011. El 5 de febrero de 2012, el día de su 20° cumpleaños, anotó su gol número 100 con el Santos en un partido ante el Palmeiras del Campeonato Paulista.​ El 25 de febrero 20 días después, anotó dos goles y asistió a otros dos en la victoria de 6-1 sobre el Ponte Petra. El 7 de marzo, anotó una hat-trick ante el Internacional en un partido de la fase de grupos de la Copa Libertadores. El 29 de abril le anotó un hat-trick al São Paulo para clasificar al equipo a la final de la Liga Paulista, en donde anotó un doblete en la ida y en la vuelta para la victoria ante el Guarani FC, que acabó en un global de 7 a 2 y que consagró a Neymar y al Santos como tricampeones de la competencia.​ Neymar acabó el Paulista con 20 tantos y elegido como el mejor jugador y mejor delantero. Mientras tanto, por la Libertadores, el Santos participó como uno de los máximos candidatos. Neymar fue el máximo goleador con 8 goles, pero el Santos terminó eliminado ante los eventuales campeones, el Corinthians, en semifinales. 

El club brasileño rechazó varias ofertas millonarias de distintos clubes europes. Finalmente en 2013 fichó por el Fc Barcelona, el club de sus sueños.